Para mitigar el escándalo y consternación que produjo el hecho, el Rey publicó un manifiesto redactado por Nogaret en el que se recogían todas las injurias, ignominias y abominaciones imaginables contra la Orden, involucrando al Papa en el acto. Cuando éste se enteró de la detención y del proceso, reprendió al monarca y envió dos cardenales, Berenguer de Frédol y Esteban de Suisy, para reclamar las personas y bienes de los encausados. Los purpurados, que debían sus cargos al monarca francés, consiguieron convencer a Clemente V de la buena fe real y enconar su ánimo contra los procesados. Felipe IV consiguió la facultad de juzgar a los miembros franceses de la Orden del Temple y administrar sus bienes. Por medio de la tortura, la Inquisición obtuvo las declaraciones que deseaba, pero estas confesiones fueron revocadas por los acusados en la hora de su muerte en el suplicio, lo cual echa por tierra su probatoriedad. Sin embargo las confesiones obtenidas convencieron al venal Clemente V, quién ordenó un proceso en todo el mundo. Sin embargo se alzaron tantas voces de protesta, que el pontífice, por la bula Faciens misericordiam, del 12 de agosto de 1308, mandó formar comisiones diocesanas en toda la Cristiandad presididas por el obispo, dos canónigos y dos parejas de dominicos y franciscanos, para escuchar a los Templarios que desearan defender su Orden.
Las comparecencias debían dar comienzo el 12 de abril de 1309, en París, aunque tardaron varios meses en comenzar, hasta el 22 de noviembre de ese mismo año. La ausencia de torturas y un encarcelamiento más propio de religiosos, provocó que una tras otra todas las acusaciones fueran desmentidas por los caballeros sometidos a interrogatorio, pues las retracciones nacían de la reflexión y no del miedo, lo que comenzó a poner a las gentes a su favor. Pero Felipe IV y sus compinches no podían permitir esa situación, por eso recurrieron a todas sus influencias, para que se organizase con la mayor urgencia un concilio ecuménico de Sens. Lo consiguieron en cinco meses, y fue anunciado por el Papa en la bula Regnan in coelis, la celebración de un concilio en Sens, donde se trataría el problema de los Templarios.
Se inició en Abril de 1310, pero días más tarde empezaron a ser llevados a la hoguera cincuenta y cuatro templarios en las proximidades del convento de Saint-Antoine, por orden del monarca de Francia. Los inocentes fueron llevados a la muerte más atroz sobre unas pilas de leños, elegidos para que ardieran lentamente. De esta forma el suplicio resultó más inhumano. Testigos de este crimen múltiple dejaron escrito que las víctimas murieron proclamando su inocencia, reconociendo la injusticia que se cometía con su Orden y, por último, se pusieron en manos de Dios.